滨州市中心医院始建于1948年，前身是山东省惠民专区和平医院，历经惠民地区第二人民医院(时称惠民二院)，惠民地区中心医院，2000年更名为滨州市中心医院。2007年与原滨州市结核病防治院合署。原滨州市结核病防治院是由1902年开建的英国教会医院发展而来，最初命名为如己医院，历经武定道立医院、山东省第八康复医院等，1958年建立结防所，1984年改为结防院，1998年成立肿瘤医院，2000年合称为滨州市结核肿瘤医院，2003年扩建滨州市传染病医院，是全市唯一以治疗结核、肿瘤、各种传染病为特色的全民所有制专科医院。
医院有着久远的教学历史，1958年先后创建医士学校、护士学校;1971年承担原青岛医学院北镇分院临床教学工作;1998年成为滨州医学院实践教学医院;2011年成为滨州医学院附属医院;现承担滨州医学院、泰山医学院、滨州职业学院等多家医学院校的临床教学和实习工作;先后与潍坊医学院、滨州医学院联合举办研究生培训班。2012年底医院成为滨州市乡村医生全员培训基地。近年来，有150多项科研成果通过省级以上鉴定，神经移植治疗截瘫、手再造等15项达国际先进水平，50余项达国内领先水平;获省科技进步奖3项、市科技进步奖190项，在省级以上学术期刊发表论文4000余篇，主编、参编医学论著50余部。
医院遵循“生命至上，爱人如己”的核心理念，坚持公立医院公益性，时刻铭记社会责任，勇于践行道义担当。积极开展援疆支医、社区服务、军民共建、“爱心帮扶”、“卫生强基”、健康下乡等一系列“惠民”活动，尤其是2009年收治被拐重症儿童党吉顺，“爱心妈妈”群体被评为“感动滨州人物”;在收治非典、甲型流感、手足口病、中毒民工和消防战士等突发公共卫生事件中敢于担当，发挥了不可替代的积极作用，得到了各级政府和社会各界的高度评价，在社会上树立了良好的行业形象。